O AEFS faz parte do universo educativo da cidade de Braga há quase meio século.

Nasceu como Escola Preparatória Dr. Francisco Sanches em 04 de outubro de 1973 e não mais parou de crescer e de se transformar até hoje. Primeiro, em 06 de junho de 2001, agregou com as escolas Básicas com 1.º ciclo de S. Victor e de D. Pedro V, tendo esta última encerrado em 2007. Depois, nesse mesmo ano e com a fusão do Agrupamento das Fontes, a «família» Francisco Sanches passou a incluir o Jardim de Infância, JI das Fontes, e quatro Escolas Básicas do 1.º ciclo, três das quais com educação pré-escolar: a EB1 da Misericórdia, a EB1/JI da Quinta da Veiga, a EB1/JI Bairro da Alegria e a EB1/JI das Enguardas.

O Agrupamento tem uma oferta educativa diversificada que inclui: Educação Pré-Escolar, 1.º, 2.º e 3.º Ciclos do Ensino Básico e, ainda, 1.º, 2.º e 3.º Ciclos do Programa Integrado de Educação e Formação (PIEF).
É formado por sete estabelecimentos de educação e ensino, uma escola com 2.º e 3.º ciclos que constitui a sede do Agrupamento, um Jardim de Infância e cinco escolas básicas de 1.º ciclo, três delas com Educação Pré-Escolar.